CONSERVED REGION OF ELEPHANT ENDOTHELIOTROPIC HERPESVIRUS (EEHV) BASED ON BIOINFORMATICS ANALYSIS

Abstrak

Gajah adalah salah satu hewan yang dilindungi di Indonesia. Endotheliotropic Herpesvirus (EEHV) merupakan salah satu penyakit yang menyebabkan kematian pada gajah. Hingga saat ini, belum banyak penelitian tentang penyakit tersebut, termasuk cara mendeteksi infeksinya. Penelitian ini bertujuan untuk mencari daerah lestari gen U38 dari DNA polimerase berdasarkan sekuens DNA di Gene Bank, sehingga dapat digunakan sebagai primer untuk deteksi dini penyakit yang disebabkan oleh infeksi EEHV pada gajah. Urutan genom EEHV dikumpulkan dari GeneBank, NCBI. Sekuens tersebut dianalisis dengan penyelarasan berganda menggunakan clustalX.2 dan dianalisis lebih lanjut dengan BioEdit. Beberapa daerah lestari yang ditemukan kemudian dianalisis lebih lanjut dengan Blastn untuk mengevaluasi daerah yang akan digunakan sebagai primer. Hasil penelitian menunjukkan bahwa satu sekuens memenuhi kriteria primer yang baik dan sesuai dengan standar yang umumnya digunakan. Sehingga, untuk kedepannya dapat digunakan sebagai kandidat dalam deteksi EEHV pada gajah.